Lidská populační genomika

Archeologie je vědní disciplínou s dlouhodobou tradicí a nezpochybnitelným významem pro studii historie vývoje života na této planetě, jehož významnou součástí je také historie lidského rodu. Byly to ale teprve metody sekvenování DNA rozvíjející se v posledních desetiletích, které nám umožnily nahlédnout v doposud největší míře do detailů lidské historie nebo také do tajů genetického původu lidských nemocí. Vědci pod vedením doktora Flegontova se zabývají vývojem nových metod a robustních protokolů pro testování modelů demografické historie, které se snaží překonat nedostatky aktuálně populární statistických nástrojů široce používaných v této vědní oblasti. Tyto nové postupy jsou pak využívány pro studium prehistorie, ať už Evropy, východní Asie, Sibiře, ale také Ameriky.

Hlavní oblasti výzkumu:

  • genomika lidských populací a etnik
  • paleogenomika

Týmové zabezpečení:

  • M.Sc. Pavel Flegontov, C.Sc., vedoucí týmu
  • Mgr. Piya Changmai, Ph.D., datový analytik
  • M.Sc. Olga Flegontova, Ph.D., postdoktorandka, datový analytik
  • Mrg. Jan Kočí, Ph.D., postdoktorand, datový analytik
  • M.Sc. Leonid Viazov, C.Sc., archeolog
  • M.Sc. Ulaş Işıldak, softwarový architekt
  • M.Sc. Gulnaz Sagmanova, doktorandka, archeoložka

Významné grantové projekty

  • GA ČR (2127624S): Genomická formace indoevropanů: nové přístupy k modelování genetického mísení řízené simulovanými daty (řešitel: M.Sc. Pavel Flegontov, Ph.D., období 1/2021-12/2023)
  • ERC CZ (LL2103): Rozplétání sítě mísení populací: fylogenezí informované metody pro překonání krize analýzy dat v archeogenetice (řešitel: Mgr. Piya Changmai, Ph.D., období 9/2021-8/2023)
  • INTER-EXCELLENCE (LTAUSA18153): Archeogenetická studie lidských populací pevninské Jihovýchodní Asie (řešitel: M.Sc. Pavel Flegontov, Ph.D., období 1/2019-12/2021)

Významné publikace

  • Changmai P, Jaisamut K, Kampuansai J, Kutanan W, Altınışık NE, Flegontova O, Inta A, Yüncü E, Boonthai W, Pamjav H, Reich D, Flegontov P (2021) Indian genetic heritage in Southeast Asian populations. BioRxiv
  • Starostin G, Altınışık NE, Zhivlov M, Changmai P, Flegontova O, Spirin SA, Zavgorodnii A, Flegontov P, Kassian AS (2021) Circumpolar peoples and their languages: lexical and genomic data suggest ancient Chukotko-Kamchatkan–Nivkh and Yukaghir-Samoyedic connections. BioRxiv
  • Flegontov P, Altınışık NE, Changmai P, Rohland N, Mallick S, Adamski N, Bolnick DA, Broomandkhoshbacht N, Candilio F, Culleton BJ, Flegontova O, Friesen TM, Jeong C, Harper TK, Keating D, Kennett DJ, Kim AM, Lamnidis TC, Lawson AM, Olalde I, Oppenheimer J, Potter BA, Raff J, Sattler RA, Skoglund P, Stewardson K, Vajda EJ, Vasilyev S, Veselovskaya E, Hayes MG, O‘Rourke DH, Krause J, Pinhasi R, Reich D, Schiffels S (2019) Palaeo-Eskimo genetic ancestry and the peopling of Chukotka and North America. Nature 570:236-240.
  • Lipson M, Cheronet O, Mallick S, Rohland N, Oxenham M, Pietrusewsky M, Pryce TO, Willis A, Matsumura H, Buckley H, Domett K, Nguyen GH, Trinh HH, Kyaw AA, Win TT, Pradier B, Broomandkhoshbacht N, Candilio F, Changmai P, Fernandes D, Ferry M, Gamarra B, Harney E, Kampuansai J, Kutanan W, Michel M, Novak M, Oppenheimer J, Sirak K, Stewardson K, Zhang Z, Flegontov P, Pinhasi R, Reich D. (2018) Ancient genomes document multiple waves of migration in Southeast Asian prehistory. Science, 361:92-95
  • Flegontov P, Kassian A, Thomas MG, Fedchenko V, Changmai P, Starostin G. (2016) Pitfalls of the Geographic Population Structure (GPS) Approach Applied to Human Genetic History: A Case Study of Ashkenazi Jews. Genome Biology and Evolution 8:2259-2265.
  • Flegontov P, Changmai P, Zidkova A, Logacheva MD, Altınışık NE, Flegontova O, Gelfand MS, Gerasimov ES, Khrameeva EV, Konovalova OP, Neretina T, Nikolsky YV, Starostin G, Stepanova VV, Travinsky IV, Tříska M, Tříska P, Tatarinova TV (2016) Genomic study of the Ket: a Paleo-Eskimo-related ethnic group with significant ancient North Eurasian ancestry. Scientific Reports 6:20768.

Zveřejněno / aktualizováno: 19. 01. 2023