Molekulární parazitologie

Laboratoř biologie trypanosomatidů se zabývá studiem kinetoplastidních parazitů čeledi Trypanosomatidae. Zajímají nás všechny aspekty jejich biologie, jako je biodiverzita, životní cykly, taxonomie a systematika, molekulární determinanty virulence nebo role endosymbiotických bakterií a virů, které tyto parazity obývají.

V současné době se náš výzkum koncentruje do těchto dílčích oblastí:

Leishmania a další

  1. Virulentní faktory leishmanií: in silico a funkční genomika
  2. Leishmania molecular tool-box

Funkční genomika trypanosomatidů

  1. Katalázy u trypanosomatid
  2. Přeskupení kodonů a mechanismy translace proteinů u Blastocrithidia spp.
  3. Novymonas, Kentomonas a evoluce endosymbiózy u trypanosomatidů
  4. Telomery trypanosomatidů

dsRNA viry u trypanosomatidů

  1. Diverzita a distribuce dsRNA virů u Trypanosomatidae
  2. Hostitelské faktory podílející se na udržování dsRNA virů

Rozmanitost Trypanosomatidae

Editace RNA

Týmové zabezpečení:

  • prof. MSc. Vjačeslav Jurčenko, Ph.D.
  • Alexei Kostygov, Ph.D. (Postdoc)
  • Natalia Kraeva, Ph.D. (Postdoc)
  • Andreu Saura, Ph.D. (Postdoc)
  • Anzhelika Butenko, Ph.D. (Postdoc)
  • Kristína Pašuthová, Ph.D.‬‬‬ (Postdoc)
  • Ingrid Škodová-Sveráková, Ph.D. (Postdoc)
  • Danyil Grybchuk, Ph.D. (Postdoc)
  • Viktoria Spodareva (Ph.D. student)
  • Claretta Bianchi (Ph.D. student)
  • Ester Poláková (Ph.D. student)
  • Alexandra Zakharova (Ph.D. student)
  • Amanda Albanaz (Ph.D. student)
  • Anastassia Bykova (Ph.D. student)
  • Ľubomíra Chmelová (Ph.D. student)
  • Iurii Lebedev (Ph.D. student)

Recentní grantové projekty:

Aktivní

  • Grantová agentura České republiky (GA ČR), 21-09283S, "Catalase: to be or not to be in two hosts". PIs V. Yurchenko, J. Lukeš, 01/01/2021-12/31/2023.
  • Grantová agentura České republiky (GA ČR), 20-22689S, "Leishmaniaviruses in trypanosomatids". PI V. Yurchenko, 01/01/2020-12/31/2022.
  • Grantová agentura České republiky (GA ČR), 20-07186S, "Trypanosomatids are much more than just trypanosomes: insights from outliers". PIs J. Lukeš, V. Yurchenko, 801/01/2020-12/31/2022.
  • European Commission Operational Programme Research, Development and Education (Call: Excellent Research), "Centre for research of pathogenicity and virulence of parasites". PIs J. Tachezy, P. Doležal, R. Šuťák, V. Hampl, P. Volf, P. Horák, T. Drmota, J. Lukeš, P. Kopáček, M. Oborník, A. Zíková, Z. Paris, M. Kolisko, M. Eliáš, V. Yurchenko, 03/01/2018-12/31/2022.
  • Grantová agentura České republiky (GA ČR), 18-15962S, "Trypanosomatids with in-frame sense stop codons: dissecting molecular mechanisms behind the unique ambiguity of the genetic code". PIs V. Yurchenko, J. Lukeš, 01/01/2018-12/31/2020.

Ukončené

  • Grantová agentura České republiky (GA ČR), 17-10656S, "Functional genomics of Leishmania virulence". PIs V. Yurchenko, J. Votýpka, 01/01/2017-12/31/2019.
  • Grantová agentura České republiky (GA ČR), 17-10308S, "Salivary proteins of Sergentomyia schwetzi sand flies". PIs P. Volf, V. Yurchenko, 01/01/2017-12/31/2019.
  • Grantová agentura České republiky (GA ČR), 16-18699S, "Heme: a putative master regulator in trypanosomatids". PIs J. Lukeš, V. Yurchenko, 01/01/2016-12/31/2018.
  • SYNTHESYS FR-TAF-6423, "Molecular redescription of trypanosomatid species in museum collections". PI V. Yurchenko, 01/01/2017-06/30/2017.

Vybrané publikace

  • Kachale, A., Pavlíková, Z., Nenarokova, A., Roithová, A., Durante, I. M., Miletínová, P., ... & Lukeš, J. Short tRNA anticodon stem and mutant eRF1 allow stop codon reassignment. Nature, 2023.
  • Zakharova, A., Saura, A., Butenko, A., Podešvová, L., Warmusová, S., Kostygov, A.Y., Nenarokova, A., Lukeš, J., Opperdoes, F.R., Yurchenko, V. A new model trypanosomatid Novymonas esmeraldas: genomic perception of its "Candidatus Pandoraea novymonadis" endosymbiont. mBio, 2021, 12(4): e01606-21. PMID: 34399629. doi:10.1128/mBio.01606-21
  • Frolov, A.O., Kostygov,A.Y., Yurchenko, V. Development of monoxenous trypanosomatids and phytomonads in insects. Trends Parasitol., 2021, 37(6): 538-551. PMID: 33714646. doi:10.1016/j.pt.2021.02.004
  • Gerasimov, E.S., Gasparyan, A.A., Afonin, D.A., Zimmer, S.L., Kraeva, N., Lukeš, J., Yurchenko, V., Kolesnikov, A. Complete minicircle genome of Leptomonas pyrrhocoris reveals a source of its non-canonical mitochondrial RNA editing events. Nucl. Acids Res., 2021, 49(6): 3354-3370. PMID: 33660779. doi:10.1093/nar/gkab114
  • Sádlová, J., Podešvová, L., Bečvář, T., Bianchi, C., Gerasimov, E.S., Saura, A., Glanzová, K., Leštinová, T., Matveeva, N.S., Chmelová, L., Mlacovská, D., Spitzová, T., Vojtková, B., Volf, P., Yurchenko, V., Kraeva, N. Catalase impairs Leishmania mexicana development and virulence. Virulence, 2021, 12(1): 852-867. PMID: 33724149. doi:10.1080/21505594.2021.1896830
  • Procházková, M., Füzik, T., Grybchuk, D., Falginella, F., Podešvová, L., Yurchenko, V., Vácha, R., Plevka, P. Capsid structure of Leishmania RNA virus 1. J. Virol., 2021, 95(3): e01957-20. PMID: 33208443. doi:10.1128/JVI.01957-20
  • Butenko, A., Hammond, M., Field, M., Ginger, M., Yurchenko, V., Lukeš, J. Reductionist pathways for parasitism in euglenozoans? Expanded datasets provide new insights. Trends Parasitol., 2021, 37(2): 100-116. PMID: 33127331. doi:10.1016/j.pt.2020.10.001
  • Kostygov, A.Y., Frolov, A.O., Malysheva, M.N., Ganyukova, A.I., Chistyakova, L.V., Tashyreva, D., Tesařová, M., Spodareva, V.V., Režnarová, J., Macedo, D., Butenko, A., d’Avila-Levy, C.M., Lukeš, J., Yurchenko, V. Vickermania gen. nov., trypanosomatids that use two joined flagella to resist midgut peristaltic flow within the fly host. BMC Biol., 2020, 18: 187. PMID: 33267865. doi:10.1186/s12915-020-00916-y
  • Aphasizheva, I., Alfonzo, J., Carnes, J., Cestari, I., Cruz-Reyes, J., Ulrich Göringer, H., Hajduk, S., Lukeš,J., Madison-Antenucci, S., Maslov, D.A., McDermott, S.M., Ochsenreiter, T., Read, L.K., Salavati, R., Schnaufer, A., Schneider, A., Simpson, L., Stuart, K., Yurchenko, V., Zhou, Z.H., Zíková, A., Zhang, L., Zimmer, S., Aphasizhev, R. Lexis and grammar of mitochondrial RNA processing in trypanosomes. Trends Parasitol., 2020, 36(4): 337-355. PMID: 32191849. doi:10.1016/j.pt.2020.01.006
Obsah zablokován / musíte udělit souhlas se zpracováním cookies

Zveřejněno / aktualizováno: 19. 01. 2023